零代码功能富集分析（DAVID数据库、KOBAS数据库使用教程）

本文原发于简书博客（柳叶刀与小鼠标）：零代码功能富集分析（DAVID数据库、KOBAS数据库使用教程）

DAVID数据库

简介

DAVID （the Database for Annotation，Visualization and Integrated Discovery）的网址是http://david.abcc.ncifcrf.gov/。 DAVID是一个生物信息数据库，也是一款在线免费分析软件，其整合了生物学数据和分析工具，为大规模的基因或蛋白列表（成百上千个基因ID或者蛋白ID列表）提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。目前DAVID数据库主要用于差异基因的功能和通路富集分析，对很多科研工作者来说，是个非常好的工具。

DAVID这个工具在2003年发布，目前版本是DAVID 6.8 。和其他类似的分析工具一样，都是将输入列表中的基因关联到生物学注释term上，进而通过统计学方法找出最显著富集的生物学注释。

• 准备输入文件
  需要一列类似的含有基因名数据
  
  
  

• 开始进入分析

选择functioal annotation选项

（1）粘贴基因（2）选择official—gene-symbol（3）选择genelist（4）提交list

提交完成后，界面会弹出上面所示的提示框 ，按确定即可。

按照如上流程进行，1 list1——2 Use——3选择物种“homo sapines（人类）”——4 点击Select Species

首先把所有默认选项都清空，只选择Gene_Ontology下的GOTERM_BP_DIRECT和CC、MP和Pathways 下的KEGG_PATHWAY ，最后点击 Functional Annotation chart，结果就出来了。

可以点击右上角的Download File 按钮，将结果进行复制保存。其中结果包括功能和通路两部分。

Kobas数据库

简介

KOBAS（KEGG Orthology Based Annotation System）是一个被广泛用于基因/蛋白质功能注释和功能集富集的网页版数据库。使用者在给定一组基因或蛋白质，该数据库可以确定某些通路和基因本体论（GO）是否有统计学显着性。

KOBAS 3.0的输入不支持gene symbol，所以使用者在使用前需将Symbol ID转换成Entrez Gene ID（或者）ensembl格式的ID。

推荐进行基因ID转换的网站：gprofiler ： http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gconvert.cgi

使用者需要（1）上传或者粘贴含有基因列表的数据（2）选择物种为homo sapines（人类）（3）确定输出格式为ENSG（4）点击RUN（5）下载注释后的数据：Export to CSV。下载的注释后的数据如下所示：

KOBAS注释

使用者将转换后的ID输入http://kobas.cbi.pku.edu.cn/anno_iden.php，根据研究对象类型，进行相应选择：选择KEGG Pathway与GO，点击Run；

将富集结果下载：

下载得到富集结果如下：

GO与KEGG富集分析，DAVID和KOBAS是比较简单同时受欢迎和认可的选择。