生物大分子受体与小分子配体的分子对接模型的研究

项目名称： 生物大分子受体与小分子配体的分子对接模型的研究

项目编号： No.11147175

项目类型： 专项基金项目

立项/批准年度： 2012

项目学科： 生物科学

项目作者： 胡建平

作者单位： 乐山师范学院

项目金额： 5万元

中文摘要： 生物大分子受体与小分子配体的相互作用对细胞生物学机理研究，计算机辅助药物设计和复合物结构预测都具有重要的意义。本项目旨在通过生物大分子受体与小分子配体间分子对接模型的研究，探索受体-配体间较为复杂的识别机制。针对分子对接方法的三个难点：分子柔性、打分函数和溶剂化效应展开研究。用分子动力学模拟方法和密度泛函理论获得受体与配体的全柔性对接前代表性构象，还提供了受体粗粒化采样方案以加快计算速度；设计适合于生物大分子受体与小分子配体分子对接的精确自由能打分函数，有效筛选近天然对接复合体构象；对接复合体长时间的分子动力学模拟进一步考虑体系柔性，分析受体表面稳定存在的溶剂，探讨溶剂介导的受体-配体识别机制。通过开展小牛胸腺DNA与大环多胺类化合物以及HIV-1 整合酶与芳香二酮酸类抑制剂之间的相互作用实验研究来验证计算模型的可靠性。分子对接结果为这两个具有实际应用价值的实验研究提供相关的相互作用模型。

中文关键词： 分子对接；打分函数；分子柔性；溶剂化效应；识别机制

英文摘要：

英文关键词： Molecular docking；Scoring function；Molecular flexibility；Solvent effect；Recognition mechanism