棉花SSR标记和Unigenes的大规模开发以及资源整合与数据库建设

项目名称： 棉花SSR标记和Unigenes的大规模开发以及资源整合与数据库建设

项目编号： No.30900911

项目类型： 青年科学基金项目

立项/批准年度： 2010

项目学科： 金属学与金属工艺

项目作者： 王长彪

作者单位： 山西省农业科学院棉花研究所

项目金额： 19万元

中文摘要： 棉花是世界性重要的经济作物，对棉花基因组信息的挖掘将有利于对新基因定位和开发。本研究通过对NCBI数据库中的棉花新的核酸序列分类和分析，把数据库中的EST序列按照棉属类型和文库类型进行分类，方便统计和下载。进一步建立大规模SSR开发平台，对序列进行预处理，剔除冗余序列和序列拼接，开发非冗余SSR标记，为科研工作者不断提供及时有效的SSR标记，为进一步饱和遗传图谱、基因定位、比较基因组分析和分子标记辅助育种奠定基础。同时，对已开发的和新开发的标记和Unigene进行功能注释和代谢分析，为在棉花基因组中发掘新基因，研究相关基因的代谢途径和不同基因组间的进化关系提供指导。研究结果将以网站的形式公布，方便研究者查询和下载。同时，利用本研究开发的新标记进行杂种优势机理、QTL定位等实证研究。

中文关键词： EST-SSR；数据库；冗余性；QTL；功能注释

英文摘要：

英文关键词： EST-SSR；Database；Redudancy；QTL；Functional annotation