最优化技术在基因组测序模拟及分析中的应用

项目名称： 最优化技术在基因组测序模拟及分析中的应用

项目编号： No.61363061

项目类型： 地区科学基金项目

立项/批准年度： 2013

项目学科： 自动化技术、计算机技术

项目作者： 曹涌

作者单位： 西南林业大学

项目金额： 40万元

中文摘要： 在基因组学研究中，DNA测序技术至关重要。同一个物种，选择不同的测序仪将产生不同的基因组拼接效果，也将导致不同的测序费用。同样使用SOLEXA测序仪，选择不同的插入片段也会产生不同的拼接效果。面临一个新物种的基因组测序时，在有限的项目资金内如何选择测序仪和测序策略才能达到最优的拼接效果，是众多生物学家面临的一个问题。前期的研究工作基础中发现，当前SOLEXA测序存有误区。文献中研究人员一般会以200bp或500bp长度的插入片段文库对基因进行测序，甚至很多人把它作为经验，但这并无理论依据。经过我们计算机模拟发现，很多时候的实际情况并非如此。基因组测序存在这样的误区将导致大量的无效测序，并最终使得测序成本居高不下。本项目试图通过计算机模拟，寻找和确定基因组测序的最优或较优测序策略，来解决当前基因组测序中的高成本问题，并提高其拼接质量。

中文关键词： 基因组；模拟测序；插入片段文库；测序深度；基因覆盖度

英文摘要： In genomics research, DNA sequencing technology is essential. Different sequencing will have a different genome splicing effects to same species，which will also lead to different costs of sequencing. If we all use SOLEXA sequencer, different inserted frag

英文关键词： Genome；Simulation sequencing；Inserted fragment library；Sequencing depth；Gene coverage