This paper focuses on intelligent routing in microservice systems and proposes an end-to-end optimization framework based on graph neural networks. The goal is to improve routing decision efficiency and overall system performance under complex topologies. The method models invocation relationships among microservices as a graph. In this graph, service nodes and communication links are treated as graph nodes and edges. Multi-dimensional features such as node states, link latency, and call frequency are used as input. A multi-layer graph neural network is employed to perform high-order information aggregation and structural modeling. The model outputs a score for each candidate service path. These scores are then used to guide dynamic routing decisions. To improve the model's ability to assess path quality, an edge-aware attention mechanism is introduced. This mechanism helps the model capture instability and bottleneck risks in service communications more accurately. The paper also conducts a systematic analysis of the model's performance under different network depths, topology densities, and service scales. It evaluates the effectiveness of the method in terms of routing accuracy, prediction error, and system stability. Experimental results show that the proposed method outperforms existing mainstream strategies across multiple key metrics. It handles highly dynamic and concurrent microservice environments effectively and demonstrates strong performance, robustness, and structural generalization.


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